"Soul Eater" spielt in einer Stadt namens "Death City". Shinigami-sama, der Herrscher von Death City, muss die Stadt vor "Kishin" (etwa Dämonengötter) beschützen. Doch damit die "Kishin" erst gar nicht geboren bzw wiedergeboren werden hat Shinigami-sama "Shibusen" gegründet- Eine Schule in der Meister und ihre Waffen ausgebildet werden, um die bösen Seelen in der Welt zu zerstören. Denn das Risiko, dass sich böse Seelen zu "Kishin" entwickeln ist hoch. Sobald die Waffe eines Meisters, die auch eine menschliche Gestalt annehmen kann, 99 böse Menschenseelen und eine Hexenseele zu sich genommen hat, wird sie zur starken "Death Scythe" und kann fortan von Shinigami-sama benutzt werden und mit ihm gegen "Kishin" antreten. Die Geschichte handelt also von den Schülern (Meistern und Waffen), die dieses Ziel erreichen wollen.